Als feststand, dass JFK jr. bis ca. 22.00 Uhr nicht sicher gelandet war, leiteten Familienangehörige und Freunde der Kennedys zunächst eine private Suchaktion per Telefon ein. Nachdem alle Möglichkeiten ergebnislos ausgeschöpft waren, verständigte man um 2.15  Uhr die Einsatzzentrale der Küsten- wache in "Woods Hole". Innerhalb von Minuten ging von dort die Meldung an das Bezirkshauptquartier der Küstenwache in Boston und an die FAA (Ferderal Aviation Administration - US Luftfahrtbundesamt). Letztere veranlasste die sofortige Überprüfung, ob JFK jr. auf einem Ausweichflugplatz sicher gelandet war. Nach Eingang der letzten Negativmeldung gegen 3.00 Uhr alarmierte die FAA das "Luftwaffen-Koordinationszentrum  für Rettungseinsätze" auf der "Langley Air Force Base" in Virginia und die Küstenwache. Gegen 7.00  Uhr erhielt Präsident Clinton Kenntnis über das vermisste Flugzeug mit John F. Kennedy jr. an Bord. Zwischen 7.30 Uhr und 7.55 Uhr schickte die Küstenwache ein Flugzeug "C-130", 15 zivile Suchflugzeuge, zwei Hubschrauber der Nationalgarde, eine UH-25 Falcon in die Luft. Seeseitig nahm an der Such- und Rettungsaktion eine Armada von Schiffen mit unterschiedlicher Ausrüstung teil. Die Suchmaßnahmen erstreckten sich auf einen Bereich von 190 nautische Meilen in der Länge und 20 nautische Meilen in der Breite zwischen Long  Island  und  Cape  Cod. Gegen 1.00 Uhr in der folgenden Nacht konzentrierten sich die Suchmaßnahmen auf ein Gebiet von ca. 400 Quadratmeilen Seegebiet, ungefähr 17 Meilen von Martha`s Vineyard entfernt. In diesem Gebiet beträgt die Wassertiefe zwischen 20 und 100 ft. (7 bis 33 Meter).

Den Nachrichten war zu entnehmen, dass Kennedy Flüge üblicherweise nur in Begleitung seines Fluglehrers angetreten hat. Warum? War Kennedy nicht im Besitz einer gültigen Pilotenlizenz? Fühlte er sich beim Führen des neuerworbenen Flugzeugs nicht völlig sicher? Wollte er seine Berechtigung erweitern?  Inzwischen wurde durch die Presse bekannt, dass JFK jr. seine Pilotenlizenz im Jahre 1998 erworben hatte und eine Gesamtflugzeit von rund 200 Stunden nachweisen konnte. In der Presse wurde er darum als "unerfahrener Pilot" bezeichnet. Fachleute werden sich diesem Urteil kaum anschließen. Ein Pilot mit 200 Stunden Gesamtflugerfahrung gilt immer noch als "Anfänger" und ist gut beraten, seine Erfahrung auf langsamen, leicht zu fliegenden Flugzeugtypen  zu sammeln, die auf einen Pilotenfehler "gutmütig" reagieren und damit auch für Anfänger sicher beherrschbar sind. Der von JFK jr. auf dem Unglücksflug geflogene Flugzeugtyp ist ein "Rennpferd" und reagiert entsprechend empfindlich. Die sichere Führung einer "Piper Saratoga" setzt ein ausgeprägtes "fliegerisches Gefühl" voraus, bezogen auf andere technische Bereiche würde man es "Fingerspitzengefühl" nennen, das nur durch entsprechende Erfahrung erworben werden kann. Dies gilt in besonderen Maße bei Flügen unter erschwerten Bedingungen, die hier zweifellos gegeben waren, denn es handelte sich  um einen Nachtflug über See. Dass JFK jr. als Inhaber einer gültigen Pilotenlizenz auf die Mitnahme eines Fluglehrers nicht angewiesen war, und er dennoch auf allen Flügen seinen Fluglehrer neben sich haben wollte, lässt  sich nur damit erklären, dass er sich der Unvollkommenheit seines fliegerischen Könnens, zumindest auf diesem Flugzeugtyp, durchaus bewusst gewesen ist.

Aus den feststehenden Flugdaten ist bekannt, dass der Start nach Sonnenuntergang, also zur Nachtzeit erfolgte, und die geplante Flugroute über See führte. Trotzdem wurde es unterlassen, der Flugsicherung einen Flugplan zu übermitteln. Die Ausfertigung eines Flugplans war für die Durchführung des Fluges zwar nicht erforderlich, aber jeder verantwortungsbewusste Pilot würde unter diesen Umständen einen entsprechenden Datensatz per Flugplan an die Flugsicherung übermitteln. Diese Maßnahme erhöht die Sicherheit von Flugzeug, Besatzung und Passagieren ganz erheblich.
Für den Flug von Fairfield N.J. nach Martha`s Vineyard stehen zwei Routen zur Auswahl. Der weitaus risikolosere und damit leichtere Flugweg führt über die Südküste von Connecticut und Rhode Island, wodurch der Pilot für den  größten Teil der Strecke die Küstenlinie im Auge behält. Die weitaus schwierigere und gefährlichere Streckeführung geht über der Küstenlinie von Long Island und führt dann über offene See, wobei als Orientierungspunkt nur die schwer zu  erkennende kleine Insel "Block Island" auf der Route liegt, bevor die Insel Martha`s  Vineyard erreicht wird. Selbst bei Tageslicht können Flüge von 15 bis 20 Meilen über offener See für einen Piloten mit wenig Erfahrung und ohne die Befähigung zu Flügen nach IFR-Regeln (Instrumentenflugregeln) zu einer schrecklichen Strapaze werden, weil von der Meeresoberfläche aufsteigender Dunst den Horizont verdecken kann. Ein Flugzeugführer ohne Befähigung zum Instrumentenflug ist auf dem Horizont, hilfsweise auf markante Bodenobjekte, angewiesen, um die Lage des Flugzeugs in der Luft zu kontrollieren. Gehen diese Bezugspunkte verloren, gerät der unerfahrene Pilot innerhalb kürzester Zeit in Schwierigkeiten, die nicht selten zum Absturz führen. Aus diesem Grund sind international minimale Sichtweiten zwischen 1.500 Metern und 8.000 Metern, in Abhängigkeit vom benutzten Luftraum, für Flüge nach VFR-Regeln (Sichtflugregeln) vorgeschrieben. Werden diese Minima unterschritten, darf der Flug nicht angetreten werden. Selbstverständlich gilt das Vorhergesagte in ganz besonderem Maße für Nachtflüge. Es bedarf keiner weiteren Ausführung, dass sich das  Risiko bei Verlust der visuellen Fluglagekontrolle bei Nachtflügen noch erhöht. Kennedy jr. hat sich für die schwierigere und damit gefährlichere Flugroute über See entschieden.
Bei Würdigung des Sachverhalts muss festgestellt werden, dass JFK jr. elementare Regeln zur sicheren Durchführung des Fluges vorsätzlich verletzt hat. Die Mitnahm von Passagieren durch einen unerfahrenen Piloten, der seine mangelnde Erfahrung durch Risikofreude zu kompensieren versucht, ist nicht nur leichtsinnig, sondern im höchsten Maße verantwortungslos.

Selbst bei der Bewertung aller bisher behandelten Fakten bleibt der Absturz mysteriös, denn kein Flugzeug, egal, ob groß oder klein, stürzt einfach mal eben so ab. Folgen wir der Statistik, werden wir zwei Tatsachen erkennen: Zum einen, dass Flugzeuge heute im Vergleich zu allen anderen Fortbewegungsmitteln mit Abstand die sichersten Verkehrsmittel sind, und dass die Wahrscheinlichkeit, durch eine andere Unfallursache oder Krankheit  sein Leben zu verlieren, weitaus größer ist, als bei einem Flugzeugabsturz ums Leben zu kommen. Zum anderen, dass Abstürze zu mehr als 98 Prozent  menschlichem Versagen zugeschrieben werden müssen. Die wenigen Fälle, bei denen ein Flugzeug durch technisches Versagen vom Himmel geholt wurde,  gelten als Ausnahme. Selbst kleine Sport- und Reiseflugzeuge sind heute keine leinwandbespannte Drahtkisten mehr. Vielmehr haben wir es mit moderner  Technik, vollgestopft mit elektronischen Navigations- und Kommunikationsgeräten zu tun. Zur Standartausrüstung eines modernen Sportflugzeugs gehören  leistungsstarke Funkgeräte, zumeist in doppelter Ausführung vorhanden, Funknavigationsgeräte zur Standort- und Kursbestimmung und nicht zuletzt - ein sogenannter "Transponder", dessen Aktivierung grundsätzlich, und bei Flügen über See aus guten Gründen zwingend vorgeschrieben ist. Der "Transponder" sendet eine automatische Kennung an die Flugsicherungsstelle, in der Daten über die "Identität" des Flugzeugs, die Flughöhe, den Kurs, die Geschwindigkeit und weitere Angaben enthalten sind, die eine sichere "Flugbegleitung und -führung" durch die Kontrollstellen der Flugsicherung gewährleisten, in deren  Bereich sich die Maschine befindet, und zwar auch dann, wenn das Flugzeug nach "Sichtflugregeln" geführt wird. Es handelt sich also um ein Mittel, das der sicheren Durchführung des Fluges im besonderen und der "Flugsicherheit" im allgemeinen dient. Die Funkgeräte dienen zur Kommunikation zwischen Pilot und Flugsicherungskontrollstellen. Und selbstverständlich kommt ihnen im Fall einer "Notsituation" eine ganz besondere Bedeutung zu. Die allererste Maßnahme eines jeden Piloten, der sich mit einer Notsituation in der Luft auseinander zusetzen hat, besteht darin, die zuständige oder jede erreichbare Flugsicherungskontrolle über Funk zu informieren. Die zu verwendende "Phraseologie", die unter anderem neben Standortmeldung, Art und Umfang der Ge- fahrensituation auch die beabsichtigten Maßnahmen des Flugzeugführers enthält, ist international in einem "Flugschema" festgeschrieben und beginnt stets mit dem dreimal wiederholten Wort "Mayday".

Der bisherigen Berichterstattung über den Absturz war nicht zu entnehmen, dass die zuständige Flugsicherungskontrollstelle eine Notmeldung ("Mayday") von der Maschine Kennedys aufgefangen hat. Im Gegenteil. Den Berichten zufolge, will der zuständige Fluglotse bemerkt haben, "dass der ´Blip´ der Maschine ´plötzlich´ vom Radarschirm verschwunden war. Er habe dem zunächst keine Bedeutung beigemessen, weil er annahm, das Flugzeug habe Höhe aufgegeben und werde vom Radar nicht mehr erfasst." Eine nicht nur unglaubliche, sondern auch eine unglaubwürdige Geschichte.
Kein Pilot, der sein Handwerk auch nur einigermaßen versteht, würde ohne zwingenden Grund, außer im sicheren Landeanflug auf einen Flugplatz, bei einem Flug über offener See freiwillig so viel Höhe aufgeben, dass er von der Radarüberwachung nicht mehr erfasst werden kann. Eine andere, und weitaus glaubwürdigere Version besagt, dass die Radarüberwachung bei einem Flugzeug einen plötzlichen Höhenverlust festgestellt habe, der einer Sinkrate von mehr als 6.000 ft. pro Minute entsprochen hat. Man sei jedoch zunächst nicht davon ausgegangen, dass es sich um die Maschine von JFK jr. gehandelt habe.
Was auch immer hier die Wahrheit sein mag, ein derart rapider Höhenverlust eines kleinen Reiseflugzeugs kann nicht mehr als "Sinkflug" bezeichnet werden. Vielmehr handelt es sich um einen beinahe senkrechten "Sturzflug", dessen Beobachtung die Annahme technischer Schwierigkeiten und eines möglicherweise  drohenden Absturzes rechtfertigt, und erst recht dann, wenn ein derartiger Sturzflug in einer Reiseflughöhe von 5.500 ft. beginnt. Zwischenzeitlich wurde durch die Presse ein weiteres Indizbekannt, das theoretisch als Ursache für eine "unkontrollierte Fluglage mit abschließendem Absturz" in Betracht kommen könnte. Am Tag vor dem Unglücksflug soll sich  JFK jr. beim "Fallschirmgleiten" einen  Knöchel  gebrochen  haben.  Die  dadurch  bedingte  Bewegungsein- schränkung oder -unfähigkeit zur erforderlichen Nutzung der Seitenruderpedale, deren Bedienung eine Lageveränderung um die Hochachse bewirkt, könnte dazu beigetragen haben, dass die Maschine in eine unkontrollierte Fluglage geriet. Die Wahrscheinlichkeit  ist allerdings außerordentlich gering, denn bei modernen Reiseflugzeugen kommt dem Seitenruder nur beim Start und im Endteil des Landeanfluges eine besondere Bedeutung zu. Im normalen Reiseflug werden Kursänderungen primär mit den Querruder geflogen. Selbst eine fehlerhafte oder ungenügende Betätigung des Seitenruders in Reiseflughöhe führt nicht zwangsläufig zu einer sofortigen unkontrollierten Fluglage, die nicht mehr beherrscht werden kann.
Die letzte bekannt gewordene Pressemeldung besagt: "Kennedy habe bei schlechten Witterungs- und Sichtverhältnissen die Orientierung verloren, was zum Absturz geführt habe." Tatsache ist, dass die Ostküste der USA zur Zeit des Absturzes unter einer Hitzewelle litt. Derartige Wetterlagen fördern, insbesondere zur Nachtzeit und über Wasser, die Dunstbildung, was zur Beeinträchtigung der Flugsicht führt. Dieses Phänomen ist nicht gleichbedeutend mit "Orientierungsverlust", also Unkenntnis der gegenwärtigen Position und die Unmöglichkeit der Standortbestimmung. Auf der Unglücksroute hätte nicht einmal ein "Sonntagsflieger" die "Orientierung" verloren. Eine fliegerische Grundregel besagt für den Fall, dass der anliegende Kurs beibehalten und nach Orientierungspunkten Ausschau gehalten wird. Bei Nachtflug und Flügen über See kann diese Regel mangels Orientierungspunkten zwangsläufig keine Anwendung finden. Dafür stehen andere Möglichkeiten zur Verfügung. Das schnellste und sicherste Hilfsmittel wäre hier das Funkgerät gewesen. Eine Nachfrage bei der Flugsicherungsleitstelle hätte zur sofortigen Durchgabe der exakten Position geführt, weil die aktuelle Position auf dem Radarbild  abzulesen ist.
Erinnern wir uns an den "Transponder". Soweit bekannt, wurde entsprechender Funkverkehr jedoch nicht aufgefangen. Wenn wir den eigentlich unmöglichen Fall unterstellen, dass ein betriebsbereites Funkgerät nicht zur Verfügung stand, hätte es bei dem von JFK jr. geflogenen Kurs nur einer Linkskurve um ungefähr 90 Grad bedurft, die ihn innerhalb weniger Minuten an die Küste geführt hätte. Von dort wäre die Positionsbestimmung und die Festlegung eines neuen Kurses zum Zielort mit Sicherheit völlig risikolos möglich gewesen. Bei dieser letzten öffentlich verbreiteten Version drängt sich der Verdacht einer großangelegten Verschleierungskampagne hinsichtlich der wahren Unfallursache geradezu auf.

Die Wahrscheinlichkeit eines technischen Versagens bei einer Verhältnismäßige neuen Maschine begrenzt die Möglichkeit auf "Pilotenfehler"  und "Fremdeinwirkung" im weitesten Sinne. Wie bereits angedeutet, sind die meisten Flugzeugabstürze, insbesondere bei Sport- und Reiseflugzeugen, auf Fehler des Piloten zurückzuführen. Fehler bei der Bedienung von Luftfahrtgeräten wirken sich insofern fatal aus, als der erste Fehler unweigerlich den nächsten nach sich zieht. Nicht selten endet diese "Kettenreaktion" mit einer Katastrophe. Die Praxis hat gezeigt, dass sich hier wiederum die meisten Fehler mit den entsprechenden Folgen beim Start und Landeanflug einschleichen. Ein weiteres Übel, das viele Abstürze zur Folge hat, ist das fliegen steiler Kurven in niedriger Höhe, die sogenannte "Heimatkurbelei", wobei es zum Abreißen der Strömung kommt, was bei zu geringer Höhe unweigerlich zur Katastrophe führt.
Doch kommen wir auf den "Fall Kennedy" zurück und beschäftigen uns mit der Frage, wo sich der Absturz ereignet hat. Nach bestätigten Berichten aus "gut unterrichteten Kreisen" fiel das Flugzeug praktisch in Sichtweite des Flugplatzes von "Martha`s Vineyard" aus dem Himmel, um genau zu sein, zu Beginn des Landeanflugs in einer Entfernung von 19 Meilen von der zugewiesenen Landebahn, woraus sich ergibt, dass sich die Maschine auf einem festgelegten Kurs befand, welcher der Verlängerung des reziproken Kurses der Landerichtung in Richtung See entsprach. Daraus ergibt sich, dass die Auffindung und Bergung von Flugzeug und Besatzung durch die Küstenwache und andere Rettungsdienste allenfalls eine Sache von Stunden sein kann. Keinesfalls, wie in den Medien behauptet wurde, ist eine Such- und Rettungsaktion erforderlich, die sich über Tage erstreckt. Das Flugzeug war an einer schnell bestimmbaren Position abgestürzt und nicht etwa "verschollen". Auch in diesem Punkt kommen die Tatsachen langsam ans Licht. Dieselben "unterrichteten Kreise" haben nämlich durchsickern lassen, dass die Auffindung und Bergung in der Tat innerhalb von Stunden erfolgte.
Auf Anordnung von Präsident Clinton persönlich, soll dieser Umstand der Öffentlichkeit zunächst vorenthalten worden sein. Seine Begründung: "Er habe den betroffenen Familien nicht die Hoffnung nehmen wollen." Eine fadenscheinigere Begründung ist kaum vorstellbar. Hier drängt sich nun der Verdacht auf, dass etwas vertuscht werden sollte, wir es mit einem "cover up" zu tun haben, weil der Zeitraum bis zur Bekanntgabe der Auffindung und Bergung genutzt wurde, um Beweise beiseite zu schaffen. Eine solche Notwendigkeit ergibt sich nur in den Fällen, denen eine Straftat zugrunde liegt. Gleichzeitig ist das Verhalten Clintons ein sicheres Indiz dafür, dass ein Komplott zur Beseitigung Kennedys nicht ausgeschlossen werden kann.
In einschlägigen Kreisen des "Organisierten Verbrechens" in den USA ist es geradezu eine Mode geworden, sich "unliebsamer Zeitgenossen" durch "Flugunfällen" zu entledigen. Jeder erkennt die Tragik eines solchen Unglücks und kommt kaum auf den Gedanken, dass der "Unfall" vorsätzlich herbeigeführt worden sein könnte. Erinnern wir uns nur an den Fall des ehemaligen Beraters Präsident Clintons, Ron Brown, wo ein Flugzeug beim Landeanflug auf einen  jugoslawischen Flughafen im Zusammenspiel mit manipulierter Navigationstechnik gegen einen Berg gelenkt, und damit zum "Tatwerkzeug" wurde. Auch hier wurde der Tod vieler unschuldiger Menschen billigend in Kauf genommen. Für Fachleute stellt es kein Problem dar, ein Flugzeug so zu präparieren, dass die Manipulation bei einer äußeren Prüfung von Zelle und Triebwerk nicht bemerkt wird und dennoch geeignet ist, die Maschine "planmäßig" zum Absturz  zu bringen. Auf Einzelheiten der dabei angewendeten Techniken braucht nicht näher eingegangen werden. Dem Leser sei versichert, dass diese "Tricks" ausserordentlich subtil und wirkungsvoll sind.
Aus Kreisen angeblicher "Fachleute" wurde inzwischen eine andere Variante als mögliche Absturzursache zur Diskussion gestellt. Danach soll die Flugroute Kennedys über "Montauk" geführt haben. Dort befindet sich ein Labor der US-Luftwaffe, in dem angeblich geheime Versuche mit  "gebündelter Hochfrequenzstrahlung durchgeführt werden. Vermutlich beziehen sich diese "Experten" auf den Absturz des Swissair-Fluges SR-111 im Sommer 1998 vor der nordamerikanischen Küste, bei dem als Absturzursache ein verheerender Kabelbrand in der Pilotenkanzel ermittelt wurde. Gerüchtweise sollen "Flug SR-111" und weitere fünf Flugzeuge in den Wirkungsbereich eines Experimentes mit hochverdichteten Strahlung geraten sei, was zu unterschiedlich schweren Schäden an allen betroffenen Flugzeugen geführt haben soll. Nun wird in den Laboratorien von Montauk aber nur geforscht. Nach allem, was bisher bekannt wurde, sind entsprechende Experimente mit gebündelter Hochfrequenzstrahlung im Bereich Labrador-Neufundland durchgeführt worden. Die Flugroute des Unglückfluges steht aber zweifelsfrei fest, und selbst bei allem Wohlwollen hat der Kurs nicht über Labrador-Neufundland  geführt. Derartige Spekulationen angeblicher "Experimente" gehören in den Bereich der Fabeln und Legenden.

Die Untersuchungen von Flugunfällen obliegt den nationalen Flugbehörden. Soweit es Flugunfälle in den Vereinigten Staaten betrifft, liegt die  Zuständigkeit beim "US-Luftfahrtbundesamt" (FAA). Grundlage jeder derartigen  Unfalluntersuchung ist stets die möglichst zweifelsfreie Ermittlung der Absturzursache. Selbstverständlich haben sich die Untersuchungen nicht nur auf die Begutachtung der Wrackteile zu erstrecken, sondern auch auf die Leichen der Besatzung, namentlich der oder des Piloten, da auch deren Leichen unter Umständen zu "Beweismitteln" werden können, denn man hat es möglicherweise mit einem "Tatort" zu tun. Obwohl sich Flugzeugführer im allgemeinen einer ausgezeichneten Gesundheit erfreuen, die von Fachärzten nach Ablauf von jeweils sechs Monaten bis zu zwei Jahren (Abhängig von der Art der erteilten Fluglizenz) erneut bescheinigt werden muss, sind auch Piloten nicht vor einem "plötzlichen Herztod" oder einer anderen letalen Erkrankung gefeit. Die Untersuchung der Leichen schließt also grundsätzlich - wie im Regelfall auch bei jeder anderen Todesursache - die Obduktion mit ein. Hier muss nicht besonders erwähnt werden, dass sich die Untersuchungen dabei auch auf eine mögliche Toxiose mit Todesfolge zu erstrecken haben.
Im vorliegenden Fall muss es daher merkwürdig anmuten, dass die zuständige Ermittlungsbehörde, innerhalb von zwei Tagen nach der Bergung der Leiche Kennedys, nicht nur die Erlaubnis zur Beerdigung, sondern auch die Genehmigung zur "Einäscherung" erhalten haben sollen. Eine wirksamere Methode zur Vernichtung von Beweismitteln gibt es nicht. Anderen Presseberichten zufolge, sollen alle Leichen geborgen worden sein. Die behauptete Einäscherung sei amtlich bisher nicht bestätigt worden. Was ist die Wahrheit ?